Château impérial, comme son nom l'indique, acquis par l'empereur Henri VII Hohenstauffen en 1227. Un château primitif appartenant aux Horbourg et aux Ribeaupierre aurait été édifié sur le site vers 1200 afin de barrer les routes venant de la Lorraine. Kaysersberg est une place stratégique importante dans la guerre qui oppose l'Empire aux ducs de Lorraine.

Le château de Kaysersberg et son donjon haut de plus de 20 mètres constituaient à l'époque de Frédéric II de Hohenstaufen une magnifique citadelle.

Le château est agrandi et fortifié par le grand bailli impérial (Reichschultheiss) de Haguenau, Woelflin, à partir de 1235. Les fortifications sont puissamment renforcées et les enceintes vont enserrer la bourgade située au pied du château. Un texte relate que le site pouvait être défendu par une quarantaine de chevaliers (chiffre énorme pour l'époque). Lors de la Querelle des Investitures, l'évêque de Strasbourg Henri de Stahleck-Dicka, chef du parti pontifical en Alsace, détruit les forteresses des Hohenstauffen. Le château est pris par le duc de Lorraine en 1248 puis il passe aux mains de l'évêque de Strasbourg Guillaume de Geroldseck en 1260.

Tout d'abord appelé Staufenberg, le site comprend des fortifications dès 1147 qui permettent de surveiller la route d'Alsace du Nord au Sud et l'un des axes principaux d'Est en Ouest, il appartient alors à Frédéric de Hohenstaufen, futur empereur du Saint Empire Romain Germanique. Le nom de Koenigsbourg (château du roi) apparaît en 1192.

Au XIIIème siècle, le château passe aux famille des Ratsamhausen et des Hohenstein. Devenu un repère de chevaliers brigands, le château est conquis et incendié en 1462 par une coalition regroupant Colmar, Strasbourg et Bâle.

Les restes du château du Haut Koenigsbourg sont alors confiés à la famille des Thierstein en 1479, qui le reconstruisent et l'adaptent à l'artillerie. A l'extinction de la famille des Thierstein en 1517, le château n'est plus entretenu et se délabre petit à petit.
Les fortifications ne résisteront pas aux Suédois, qui le capturent et l'incendient en 1633 lors de la guerre de Trente Ans.

Le château est alors laissé à l'abandon. En 1899, le château est offert à Guillaume II de Hohenzollern, Empereur d'Allemagne (la région est alors allemande). L'empereur veut faire de ce château un symbole de la grandeur de l'Allemagne et décide la restauration du château du Haut Koenigsbourg.
La restauration est confiée à Bolo Ebhardt qui reconstruit le château tel qu'il était à l'époque des Thierstein (malgré quelques libertés prises ou erreurs). Le château du Haut Koenigsbourg est inauguré en mai 1908.
A la fin de la première Guerre Mondiale, le château devient bien national français.